1826, Paris. Jean-Baptiste Dallier, un bonapartiste ami des frères Champollion, est assassiné dans les catacombes. Le célèbre héros écossais Lord Cochrane arrive alors à Paris. Il y retrouve Champollion le Jeune qui possède les preuves de l’existence de Cthulhu, un monstre antédiluvien. Champollion a récupéré un manuscrit de la main de César, qui décrit comment il s’est rendu sur R’lyeh, la ville du monstre, au large du fort romain construit sur la longe de Fort Boyard.
Cochrane, Champollion le Jeune et le capitaine Eonet partent aussitôt récupérer le manuscrit caché au cimetière du Montparnasse. Mais un mystérieux  » Ordre des Catacombes  » rode, décidé à empêcher leur enquête !